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Hat sich der Spieler nun für eine der drei Seiten entschieden, geht es mit der Spice-Hatz auch schon los. Die Bedienung ist mit Command & Conquer Alarmstufe Rot 2 sehr eng verwandt. Das Baumenü ist wieder in der einzelne Gruppen unterteilt: Gebäude, Infanterie und Fahrzeuge. Dazu kann man wie in Dune 2000 die Gebäude upgraden, um bessere Einheiten bauen zu können oder im Bauhof die Gebäude schneller produzieren zu lassen.

An Einheiten hat sich gegenüber Dune 2000 kaum etwas verändert, nur die Truppen der fünf Unterhäuser sind wirklich neu. Dune 2000-Veteranen werden sich jedenfalls sofort zurechtfinden und die bekannten Einheiten, wie die Schallpanzer der Atreides, die Raketenpanzer oder die Flammenwerfer-Einheiten der Harkonnen sofort wiedererkennen. Dazu gewinnen die Einheiten jetzt - wie schon in Command & Conquer 3 und Red Alert - an Erfahrungen und werden mit der Zeit zu wahren Killern. Sobald eine Einheit die letzte Erfahrungsstufe erreicht hat, bekommt sie eine Zusatzfähigkeit - es lohnt sich also, seine Truppen nicht als Kanonenfutter einfach zu verheizen.

Bei den Gebäuden hat sich auch nicht allzu viel getan, wieder werden sich Dune 2000-Spieler sehr schnell zu recht finden. Wie schon bei den Einheiten sind nur die Gebäude der fünf Unterhäuser neu. Zwei große Kritikpunkte an Dune 2000 hat sich Westwood allerdings zu Herzen genommen: Es ist nun nicht mehr notwendig Betonplatten als Untergrund für die Gebäude zu legen - Gebäude können nun einfach auf Felsboden errichtet werden. Außerdem wurde endlich der Mauernbau vereinfacht: Man wählt nun einfach das Mauern-Tool an, gibt Start- und Endpunkt des Schutzwalls an und der Bauhof erledigt alles weitere.

Westwood-typisch bietet auch Emperor wieder fantastische Video-Sequenzen, in guter Tradition mit richtigen Schauspielern (unter anderem diesmal mit Michael Dorn - bekannt als Worf aus Star Trek The Next Generation und Deep Space Nine), gerenderten Hintergründen und teilweise auch Bildern aus David Lynchs Verfilmung des Buches. Anders als in Command & Conquer Alarmstufe Rot 2 sind die Sequenzen aber nicht auf Trash-Kult ausgelegt, sondern wirken durchaus ernst und führen die Story fort.