Die aus Xenogears bekannten, riesigen Kampfmechas namens Gears haben ihren Auftritt in Xenosaga als A.G.W.S.s oder Eggs. Es gibt diesmal keine auf bestimmte Personen zugeschnittenen Mechas, sondern verschieden Klassen von Eggs, die von den Charakteren auch im Nahkampf (siehe Screenshots) verwendet werden können.
Sobald Ihr im Spiel einen bestimmten Gegenstand erhalten habt, könnt Ihr auch ein Mini-Game namens Battling spielen, indem Ihr à la Armored Core 2 mit einem Freund oder gegen einen CPU-Gegner heftige Kämpfe ausfechtet - sozusagen die Xenosaga-Variante von Final Fantasy X´s Blitzball (siehe Screenshots).
