Mit der 3DS-Version von Super Mario Maker (ab 23,98€ bei kaufen) wird man bekanntlich keine erstellten Levels online hochladen können - stattdessen können die unvollständigen Levels lokal übertragen werden. Und wenn man der jüngsten Produktseite von EBGames (Einzelhändler) Glauben schenken darf, dann wird man Super Mario Maker auf dem Nintendo 3DS ausschließlich in 2D spielen können. Demnach wird man den Level-Baukasten nicht dazu nutzen können, eigene 3D-Passagen wie z.B. in Super Mario 3D Land zu erstellen. Es scheint somit eine mehr oder weniger direkte Umsetzung der Wii-U-Version zu sein.

(Bildquelle: EBGames ; "Plays only in 2D")

Folgendes wurde bereits bei der Ankündigung Anfang September bekanntgegeben: Die von Nutzern auf Wii U erstellten Levels sollen sich auch auf dem Handheld nutzen lassen - allerdings mit Einschränkungen. So sollen nicht alle Wii-U-Kurse kompatibel mit der Handheld-Version sein. Außerdem lassen sie sich nicht per Kurs-ID suchen, sondern tauchen lediglich in der 100-Mario-Challenge auf, in der automatisch Levels durcheinandergewürfelt werden. Neben allerlei Tutorials sollen auch fast alle Werkzeuge vertreten sein, lediglich der Fragezeichen-Pilz und dessen Mario-Kostüme sind nicht dabei.