Eines der Highlights in Splinter Cell Chaos Theory ist der kooperative Modus. Dieser bekommt eine eigene Kampagne mit speziellen Missionen spendiert, die an die Ereignisse der normalen Singleplayer-Kampagne angelehnt sind. Alle Missionen in diesem Spielmodus sind unabdingbar auf Teamwork ausgelegt und können oft auf mehrere Arten gelöst werden.

Als Team könnt ihr eine Räuber-Leiter machen, aneinander hochklettern, das andere Mitglied abseilen oder "Mission Impossible light" spielen und den anderen Spieler an den Füßen festhalten, während er kopfüber aus einem Lüftungsschacht heraushängt. Bei allen Aktionen sind immer beide Spieler gefordert, so muss der eine Agent immer die Balance halten, während der andere gerade am Seil hängt. Als besonderen Clou dürft ihr über Headset nur flüstern, weil die Gegner sonst die Geräusche mitbekommen und auf euch aufmerksam werden.