Wie Nintendo meldet, wird sich die europäische Fassung von <4PCODE cmd=DGFLink;name=Metroid Prime;id=1921> deutlich von den bereits veröffentlichen NTSC-Versionen unterscheiden. So wird z.B. der Schwierigkeitsgrad für Europa etwas nach oben gesetzt. Dies äußerst sich beispielsweise in stärkeren Gegnern sowie einem überarbeiteten Hinweissystem, das sich zeitlich später einschaltet, um den Spielern Tipps zu Rätseln zu geben. Weiterhin wird es nun möglich sein, Cut-Scenes abzubrechen, falls man sie bereits einmal im Spiel gesehen hat. Zusätzlich wird es bei den Scan-Aktionen sowie dem Öffnen und Schließen von Türen neue Sprachausgabe geben.