Gleichzeitig mit der Standard-Version wird am 25. Juni 2009 die "Limited Edition" von Anno 1404 (ab 19,95€ bei kaufen) erscheinen (Bild). Die limitierte Edition wird für 69,95 Euro (unverbindliche Preisempfehlung des Herstellers) erhältlich sein, die Standard Edition schlägt mit 49,95 Euro (UVP) zu Buche. Verpackt in einer Holztruhe enthält die "Limited Edition" folgende Bestandteile:

- Anno 1404 DVD-ROM
- Einen antiken Kompass
- Ein 48 Seiten starkes Art-Book
- Ein Leinensäckchen mit sechs Mandel-Samen
- Ein Panorama-Poster
- Eine exklusive Bonus-DVD