Basierend auf den tausenden von Science-Fiction Vorlagen starten Aliens auch in Skyforge eine Invasion. Mit dem Verschwinden der Gottheit Aeli entstand ein Machtvakuum, was verschiedene Rassen ausnutzen wollen, um den Planeten Aelion zu annektieren. Der Spieler wird mit einem Countdown darauf aufmerksam gemacht, dass eine Invasion bald startet. Ab dem Zeitpunkt eines Angriffs schalten sich über zwei Monate diverse Aufträge für unterschiedliche Gruppengrößen frei. je nachdem wie wieviel Daten gesammelt oder Aufträge gelöst werden, steigt auch die Wiederstandskraft der Verteidiger. In der Endphase hingegen kämpfen Spieler in einer 24-Stunden-Schlacht gegen die Invasoren. Bei einem Sieg winkt ein Buff für alle Spieler auf dem Server sowie seltene Gegenstände. Bei einer Niederlage hingegen verwandeln sich Gebiete für mehrere Tage in totes Land: