Gabe Newell von Valve Software sprach im Interview mit IGN über den Fortgang der Half-Life-Story. Im ersten Teil hat sich Gordon Freeman von einem normalen Arbeiter in einen Helden verwandelt, unter ständiger Aufsicht vom G-Man (Aktenkoffermann). In Half-Life 2 benutzte der G-Man den guten Gordon für seine Zwecke und am Ende der dritten Episode soll der Aktenkoffermann die Kontrolle über Gordon verlieren und es sollen weitere Parteien ins Spiel kommen...

In Episode Two werdet ihr (endlich) City 17 verlassen und sollt laut Gabe Newell die Konsequenzen aus euren Handlungen erfahren, denn die Zerstörung der Zitadelle brachte nicht nur Vorteile. Außerdem sind die Combine, die bereits auf der Erde stationiert sind, auf Gordon aufmerksam geworden und wundern sich, dass eine Person ihre Pläne so dermaßen stören kann. Natürlich leiten die Combine entsprechende Schritte gegen Gordon Freeman ein. Zusätzlich tretet ihr vermehrt in Kontakt mit den Vortigaunts.