Konami Amerika hat bestätigt, dass Metal Gear Solid 2 einigen Änderungen unterworfen wird. So werden diverse Cut-Scenes, die als Hintergrund die Manhattan-Skyline (insbesondere das World Trade Center) hatten, geändert. Die Story von MGS2 dreht sich um terroristische Attacken auf New York City; auch wenn keine direkten Vergleiche zu den Ereignissen letzter Woche bestehen, hat sich Konami entschlossen, diese Änderungen durchzuführen. Ein Sprecher von Konami: "Die Unterhaltungsindustrie muss in den kommenden Monaten sehr vorsichtig sein... Metal Gear Solid 2 dreht sich, genau wie die Vorgänger, um das Verlangen, Gewalt weltweit zu beenden."