Wie schon bei Pro Evolution Soccer 2008 lässt sich Konami auch beim Nachfolger etwas mehr Zeit im Falle der Wii-Fassung, wird diese doch erst am 17. März veröffentlicht.

Im 2009er Ableger kann man seine Spieler wie im Vorgänger mit der Wiimote/Nunchuk-Kombo über das Fußballfeld scheuchen, alternativ darf man allerdings auch zum Classic-Controller oder nur zu Wiimote (in der NES-Pad-Haltung) greifen. Sind mehrere Teilnehmer an einer Konsole zu Gange, darf jeder seine persönlich präferierte Steuerungsvariante auswählen - eine Mischung ist also möglich.

Im Champions Road-Modus kann man Geld verdienen, beispielsweise indem man einen Hattrick erzielt, und dieses dann in die Mannschaft bzw. das Umfeld des Vereins investieren. Sein Wii-Debüt feiert außerdem der aus den anderen Versionen bekannte Master League-Modus.

An einer Wii dürfen bis zu vier Spieler an den Start, per Online-Modus dürfen bis zu acht menschliche Teilnehmer auflaufen - wenn sich je vier Leute an zwei Wiis einfinden. Die Champions Road- und Match-Modi erlauben das Einbinden der eigenen Miis.