Wie bei den Vorgängern gilt es, möglichst viele Ziele bzw. Gegenstände innerhalb eines Tages zu erreichen. Tage können beliebig wiederholt werden, im Gegensatz zu den Vorgängern gibt es auch keine obere Zeitbeschränkung.

War man in Pikmin (Wertung: 88%) und Pikmin 2 (Wertung: 90%) mit Captain Olimar unterwegs, steuert man im kommenden Teil bis zu drei Charaktere: Alph, Brittany sowie Captain Charlie. Diese sind teilweise gleichzeitig mit eigenen Pikmin-Grüppchen im Level unterwegs; der Spieler kann beliebig wechseln.

Das Trio muss möglichst viele Früchte einsammeln und Samen daraus extrahieren, um diese dann zu ihrer darbenden Heimatwelt zu bringen. Aus den Früchten wird außerdem Saft gewonnen, der wiederum als Treibstoff für die Figuren fungiert. Jene Energie wird für das Erkunden der Welt benötigt.

Wer Pikmin 3 per GamePad spielt, kann dessen Bildschirm als Mini-Karte nutzen. Über diese kann man schnell scrollen und Alph, Brittany oder Charlie sogar wie in einem Echtzeit-Strategiespiel anwählen und zu einer bestimmten Stelle schicken, anstatt sie direkt dorthin steuern zu müssen. Über das GamePad kann Pikmin 3 natürlich auch ohne Fernseher gespielt werden.

Das Spiel unterstützt außerdem den Pro-Controller. Per GamePad und Pro-Controller steuert sich Pikmin 3 wie die Gamecube-Originale. Wer will, kann das Spiel aber auch wie die Wii-Neuauflagen mit der Wiimote erleben.

Zu den Multiplayer-Modi will sich Nintendo später äußern.