In der Hauptkampagne von Mario + Rabbids Kingdom Battle bilden die Spieler ein Team aus drei Charakteren, wobei die Fähigkeiten eines jeden Charakters in einem Fertigkeiten-Baum angepasst werden können. Generell erkundet das Trio vier unterschiedliche Welten, löst Rätsel, sammelt "Fundstücke" und bestreitet Kämpfe.