Das Kampfsystem ähnelt oberflächlich dem Xenogears-Standard. Martial Arts-Attacken werden durch Button-Kombinationen aneinander gereiht, wobei Quadrat, Dreieck und X-Button jetzt für Nahkampf, mittlere Weite und Fernkampf-Attacke stehen - nicht mehr für schwache bis starke Attacken. Jeder Charakter hat eine eigene Anzahl Etherpunkte(EP) um psychische Kräfte zu benutzen (Xenosagas Version von Magie).

Neu eingeführt ist die Bedeutung der Positionierung im Kampf: Wie bei Grandia hängen die Angriffschance davon ab, wie sich Gruppe und Gegner treffen. Je nachdem kann ein Hinterhalt, ein Initiativ-Angriff oder ein Kräfte-Gleichgewicht zu Kampfbeginn vorliegen. Manche Special-Moves kosten jetzt Aktionspunkte und EPs und die Länge der Kampfdauer wird sich auf die Menge der erbeuteten Erfahrungspunkte und Gegenstände auswirken.

Die Eggs von Xenosaga funktionieren völlig anders als die Gears. War dort der Kampf mit den riesigen Mechas ein eigenes Kampf-System für sich, so werden die A.G.W.S.s ähnlich wie FF-Beschwörungen in jedem normalen Kampf zur Hilfe kommen können. Man kann sie mit acht unterschiedlichen Bauteilen aufrüsten: Je nachdem ändert sich die Angriffsart, Spezialfähigkeit und Nutzungsdauer im Kampf.

Der Kampfbildschirm im Detail

Die A.G.W.S attackieren einmal pro Runde, wobei KOS-MOS keinen Egg besitzt, sie ist ja selbst eine lebende Weiterenwicklung der Mechas. Je nach gedrücktem Button kommt es zu unterschiedlichen Attacken. Es scheint keine "Fuel"-Angabe zu geben, aber Zahlen neben den Attacken deuten auf eine andere Art der Begrenzung hin. Neu ist, dass der Charakter während des Kampfes seinen Egg auch wieder verlassen kann.

Wenn die Charaktere ohne A.G.W.S. kämpfen, haben sie pro Runde zwei Attacken (zumindest in der TGS Autumn 2001-Demo) und können aus drei verschiedenen Angriffsarten wählen (einige Charaktere haben nur zwei; es scheint von der Ausrüstung abhängig zu sein). Diesmal ist nicht nur die Angriffstärke unterschiedlich, sondern auch die Wirksamkeit: Angriffe haben Elementar-Eigenschaften oder unterschiedliches Schadensmodell je nach Attacke (z.B. Schneiden im Vergleich mit Zustoßen). Besondere Angriffskombos aktivieren Deathblows oder andere Sonderfähigkeiten.