Ende November wird Sega auch eine 3DS-Version von Sonic Generations veröffentlichen. Diese wird sich die SpotPass-Funktion des Handhelds zu Nutze machen und den Transfer von Daten ermöglichen.
So können Spielerprofile ausgetauscht werden, in denen der Spielfortschritt verzeichnet ist. Auch kann man dort festhalten, seit wann man den blauen Igel kennt und welchen seiner Freunde man am liebsten mag.
Zudem gibt es 100 Missionen, die abseits der Hauptstory liegen. Die können freigeschaltet werden, indem man von einem anderen Spieler, der bestimmte Herausforderungen bereits bewältigt hat, Daten erhält. Alternativ kann man auch mit Game Coins zahlen, die bekanntermaßen über den Schrittmesser des 3DS 'erwirtschaftet' werden.