Minute of Islands spielt auf einer Inselgruppe, die von gefährlichen Sporen bedroht wird. Das Einzige, was die Inseln schützt, sind mysteriöse Antennen, die gebaut wurden, als die Riesen noch mit den Menschen zusammen lebten. Aber diese Maschinen versagen jetzt. Die einzige Person, die sie reparieren kann, ist die Ingenieurin Mo und ihr stabförmiger "Omni-Switch".
Auf ihrer Reise durch die handgezeichnete Comic-Welt lernt sie die Bewohner und die Hintergrundgeschichte näher kennen und muss diverse Rätsel lösen, die in die Umgebung eingebettet sind. Versprochen wird eine "emotionale, poetische Geschichte der Selbstfindung".