Resonance of Fate spielt in einem beängstigenden Zukunftsszenario, in dem das Leben auf der Erde beinahe ausgerottet ist. Die turmähnliche Stadt Basel, die ursprünglich als experimentelles Lebenserhaltungssystem errichtet wurde, ist nun der einzige Ort, an dem die Menschheit überleben kann. Die Helden des Spiels Vashyron, Zephyr und Leanne sind im Auftrag eines privaten Sicherheits- und Militärunternehmens unterwegs, um für ihre Kunden Aufträge zu erledigen. Wobei sie sich schließlich auf eine Reise begeben, die sie den dunklen Geheimnissen auf die Spur bringt, die schuld an dem schrecklichen Zustand der Welt sind.
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