"Der neuste Teil der Atelier-Saga markiert das 20-jährige Jubiläum und folgt den Spuren der Alchemie-Lehrlinge Lydie und Suelle Marlen. Während die Zwillinge mit ihrem Vater im familieneigenen Atelier arbeiten, entdecken sie durch Zufall, dass sie durch magische Gemälde in Paralleldimensionen reisen können. Dort erfahren sie, dass diese geheimnisvollen Gemälde nicht nur Portale sind, sondern die verbleibenden Gedanken ihrer verstorbenen Mutter enthalten. Fortan reisen sie durch die verschiedensten Gemälde und erleben - unter anderem - Abenteuer im spirituellen Heavenly Flower Garden, samt Sternschnuppen-Regen, oder im unwirtlichen und von Halloween inspirierten The Spooky Forest.
Atelier Lydie & Suelle: The Alchemists and the Mysterious Paintings beschert ein Wiedersehen mit Figuren aus den anderen beiden Mysterious-Titeln, Atelier Sophie: The Alchemist of the Mysterious Book und Atelier Firis: The Alchemist and the Mysterious Journey. Die abenteuerlustige Firis mit ihrer älteren Schwester und Beschützerin Liane, sowie die wissbegierige Sophie mit ihrer Alchemie-Lehrerin Plachta kehren zurück, um Lydie und Suelle zu helfen. Ebenso haben weitere bekannte Figuren Auftritte in dieser vollkommen neuen Atelier-Geschichte, wie Ilmeria, die mittlerweile zur Lehrerin für angehende Alchemisten aufgestiegen ist."