Das Spiel wartet insgesamt mit 25 Levels auf - auf dem Papier sind das weniger als im Vorgänger, dafür sollen die Karten deutlich umfangreicher ausfallen. Außerdem soll der Wiederspielwert höher sein. Ähnlich wie in den klassischen Metroid-Spielen muss man eine Welt öfter besuchen, um sie komplett vom schwarzen Schleim zu befreien. Manche Passagen werden nämlich erst dann zugänglich, wenn man bestimmte Fähigkeiten oder Items erlangt hat. (Der Zustand eines Levels wird beim Verlassen gespeichert.) Wer eine Welt gesäubert hat, kann daraufhin noch diverse Quests darin erfüllen.
Im zwei Spielermodus gilt es, den anderen Spieler in die Stacheln zu schubsen, um sich die dann freigegebenen Teile zu schnappen und selber schnellstmöglich zu wachsen.