Die ganze Metropole wird von einer riesigen Flutwelle und dem Auslöser derselben, dem morphenden Wassermonster Sin, verschlungen, und Tidus erwacht alleine und orientierungslos in einem wässrigen Ruinenfeld. Zweimal knapp vor dem Ertrinken gerettet, adoptiert ihr ein älterer Blitzball-Spieler namens Wakka, weil Tidus ihn an seinen verstorbenen Bruder erinnert.
Wakka wird das Blitzball-Spiel nach dem nächsten Match seiner Mannschaft an den Nagel hängen, denn er will als Vollzeit-Bodyguard die Beschwörerin Yuna auf ihrer Reise durch Spira begleiten. Yuna versucht auf allen Inseln Beschwörungen, Aeonen genannt, einzusammeln, um mit diesen das Wassermonster Sin zu besiegen, das Spira regelmäßig heimsucht und der Grund für die Zerstörung von Zanarkand war. Tidus hofft, mit Hilfe von Yunas Kampf gegen Sin nach Zanarkand zurückkehren zu können, und schließt sich unter Vorbehalt der Bodyguard-Gruppe um Yuna an.
Lass dir das mal von einem Meister zeigen, Junge
Viel geschickter als jemals zuvor sind die ersten Tipps zum Kampf-Gameplay in die Handlung eingebaut (Ihr müsst nicht extra zu einem Moogle rennen oder eine Vision haben, um zu erfahren, wie die Features funktionieren). Allerdings sind die Anleitungen diesmal auch notwendiger als je zuvor, da viele Details des serietypischen Gameplay generalüberholt worden sind. Die bekannten Zufallskämpfe erlauben den Einsatz aller Gruppen-Mitglieder und haben keine ATB-Anzeige mehr. Während die Monster attackieren, verteilt Ihr die Befehle an die Gruppen-Mitglieder, auf der rechten oberen Anzeige kann man dann erkennen, ob dies eine Auswirkung auf die Reihenfolge der nachfolgenden Züge hat. Das ist schon deshalb wichtig, weil viele Monster nur mit bestimmten Angriffen zu besiegen sind und die Gruppen-Mitglieder zu Beginn sehr spezialisiert sind. Diese Neuerung stammt von Kampf-Regisseur Toshiro Tsuchida (Front Mission-Serie), der Kämpfe auf Basis der Reflexe von Spielern sehr unfair findet (anscheinend hat ihn das bei der Ausführung der Overdrive-Attacken aber nicht gestört: Reflex ist dort mal wieder Trumpf).
