Das Ende naht
In gar nicht allzu ferner Zukunft begibt sich ein gigantisches Raumschiff in die Erdatmosphäre. Die Menschheit ist überrascht und versucht mit allerlei Mitteln friedlichen Kontakt zu den Besuchern aufzunehmen - aber alle Versuche scheitern. Kurz darauf lässt dieses Raumschiff Abermillionen von Sporen auf die Erde regnen.
Erst verdunkeln sie die Sonne für Tage, danach fallen sie zu Boden und löschen den Rest der Mensch- und Tierwelt aus. Vereinzelte Menschen, die in Bunkern Schutz gefunden haben, überleben diesen Angriff.
Die Zeit vergeht. Tage, Wochen ziehen vorüber, bevor sich die Sporenwolken lichten und die letzten Menschen wieder an die Oberfläche zurückkehren. Dort bietet sich ihnen ein Bild des Schreckens: Grässlich mutierte Monster, die teilweise noch menschliche oder tierische Züge tragen, herrschen auf der Erde und alles andere ist fast komplett zerstört. Nun sinnen die letzten Menschen auf Rache...
Risiko für Fortgeschrittene
UFO: Aftermath beginnt mit der wunderschönen 3D-Ansicht von Mutter Erde. Zwei auf der strategischen Karte blinkende Punkte signalisieren Eure beiden Startbasen und eine dünne Linie grenzt Euer Einflussgebiet von der restlichen Welt ab. Bei der einen handelt es sich um eine militärische Stätte.
Der zweiten Basis müsst Ihr noch eine Aufgabe zuweisen; entweder Militär, Forschung, Produktion oder Anti-Biomasse. Mehr Optionen gibt es nicht - kein Geld, kein Aufbau und keine Errichtung von weiteren Stützpunkten. Stattdessen bekommt Ihr neue Standorte spendiert, wenn Ihr Aufträge in einem Gebiet außerhalb Eures Einflusskreises erfolgreich löst.
In den Forschungs-Stützpunkten wird fleißig an Alien-Technologien und sonstigen Theorien gewerkelt, während innerhalb der Produktionsbasen frisch entwickelte Ausrüstung für die Alien-Hatz zusammengebaut wird. Ebenso wichtig sind die Militärbasen, denn im Hangar einer jeden Station befindet sich ein handliches Dreierpack Abfangjäger für ankommende UFOs.