Neben den Tiefeneffekten, die der Handheld eben ermöglicht, soll sich der Ableger auch durch das Kamerasystem etwas von den anderen Fassungen absetzen. Die Kamera ist deutlich näher am Geschehen und stark auf den jeweils direkt gesteuerten Spieler fokussiert.
Das Spiel, welches 70 National- und 170 Klubmannschaften umfassen wird, soll sich auch den StreetPass-Modus des 3DS zu Nutze machen. Sollte sich ein anderer 3DS-Nutzer in der Nähe befinden, der PES 2011 ebenfalls gespielt hat, vergleichen die beiden Geräte automatisch die Master League-Daten und bestimmen darauf basierend einen Gewinner. Wer bestimmte Ziele erreicht, kann so neue Spieler und Mannschaften freischalten. Per direkter Funkverbindung können sich zwei Nutzer außerdem im Mehrspielerpart messen.