Es hat sich einiges getan, nicht nur die Technik hat sich verbessert sondern auch eine neue Palette Fähigkeiten verleihen Cryptosporidium 138 die ultimative Macht über die Menschheit. Beispielweise gibt es den Gedankenblitz, mit dem man die Zeit für wenige Sekunden anhalten kann. Auch das UFO wurde verbessert und ist ab jetzt von jedem Landepunkt aus anrufbar. Außerdem kann es sich unsichtbar über Gegner hinwegbewegen und besitzt eine neue Waffe.

Für Langzeitspaß sorgen die vielen Nebenmissionen wie die Assassin-Serie, in der Crypto eine bestimmte Person eliminieren muss oder die Arkvoodle-Missionen, in denen das kleine Alien einen Kult aufbauen muss. Für das Durchspielen aller Missionen braucht man um die 25-30 Stunden, dazu kommen noch die verschiedenen Sonden und Artefakte, die man finden muss. Jedoch wurde dies erleichtert, bei gewissem Spielstand werden sie auf dem Radar angezeigt.

Wer alles durchgespielt hat, kann mit einem Freund gemeinsam durch die Städte ziehen und der Menschheit der Fürchten lehren. Außerdem gibt es in jeder Stadt mehrere 2P-Missionen (2 Spielvarianten, aber an unterschiedlichen Orten).
Wenn beide Cryptosporidien im Raumschiff unterwegs sind, wird eine zusätzliche Kanone aktiviert.

Am Ende kann wieder allerhand Bonus aktiviert werden, mitunter durch eine weitere Neuerung: den Genmixer. Durch entführen bestimmter Zielpersonen in verschiedenen Orten auf aller Welt können neue Fähigkeiten und eben das Bonusmaterial aktiviert werden.