In einem Mix aus Strategie und Action übernehmen Spieler in der Kampagne die Truppen von Föderation, Klingonen, Romulanern, Cardassianern, Dominion, und Breen-Streitkräften. Planet für Planet kann erobert und in klassischer Rundenmanier verwaltet werden - inkl. Rohstoffmanagement, diverser Missionsziele, Basenbau, Forschung und Flottenplanung.
Mit der Remote sollt ihr Raumschiffe auswählen und durch die Sternenkarte manövrieren können. Sobald es zum Kampf kommt wird die Sicht verändert und ihr könnt eure Raumschiffe direkt über Nunchuk steuern und Feinde im Echtzeitkampf attackieren - gezielt und geschossen wird mit der Remote.